こればっかりは何とも説明のしようがありませんね。
私は下書きを描いてそれをトレス台でトレスし、それにペン入れします。
特に原画の作業をするときは、選択範囲を作るときに非常に重要なので、線と線をなるべくくっつけるようにしています。
これをしておくと後々の作業が早い早い。
ちなみに今回用意した線画はこれです。じゃん！



…中途半端なところで止めていますねぃ。

まずは、ごみ取りをしやすいように調整します。
とりあえずざっと見てみると、こんなところが目に付きました。

キエテナーイ。

こういうところがちゃんと消えるように調整。
私は主にレベル補正と明るさ・コントラストをいじります。

ここです。

先に「明るさ･コントラスト」で明るくして、鉛筆の下書線を消します。
その後コントラストやレベル補正をいじって、いい線が出るように祈りながら調整します。

おっと、大事なことを忘れていました。
●線画補正はグレースケールモードで。
●線画のレイヤーは必ず「背景からレイヤーに」しておく。
　もしくは「レイヤーの複製」をする。
これしてないと、後で線画の抽出ができないっす。


細かいごみを取る前に、人物周りを軽くパス取りして白で塗りつぶします。
広い部分は、ごみがあろうがなかろうが(無いという事は殆どないのですが)塗っておしまい！(高飛車に)
とり忘れがなくて便利です。
ちなみにDを押すと、パレットが完全な黒と白になります。

色がついているのは分かりやすくするためです。

その後、細かい所(特に顔は念入りに)もごみ取りします。
まず、選択範囲ツールにて白い所をクリック。んで解像度にもよりますが選択範囲を2〜4pxlほど縮小します。
そして選択範囲を反転。そしたらクイックマスクモードにします。
すると、線じゃないのにぽつぽつ白い点があったりしませんか？　
そいつをブラシか鉛筆ツールで塗っていきます。塗るとピンクになりますね。ならばよし！

ゴミ取りが終わりましたら、さっきのクイックマスクスイッチの隣を押します。
すると、見慣れた点々の選択範囲に戻るはずです。
クイックマスクってのは要するに、選択範囲がよく分からないよ〜という人のために、選択している部分を白、していない部分をピンクに表示してくれる機能のことのようです。
んで、今まで線画の部分が白になっていたので、ここに白を流し込んじゃうと全面白くなってしまいます。
なのでまた選択範囲を反転。そしてaltキーとbackspaseキーを同時に押します。
すると選択色で塗りつぶされます。これでゴミ取り完成。

次は、「選択範囲」タブを押します。ここに「選択範囲を読み込む」というコマンドがあります。


クリックするとなんかでますので、「反転する」にチェック付けて実行すると、線の部分だけ取り出すことが出来ます。
ちなみにこのコマンドで線画が抽出できるのはグレースケールモードのみみたいです。…ごめんRGB以外は知らない。
選択範囲が出ているうちにレイヤーを新規で作り、黒を選択してalt+bsで塗りつぶし。これで線画が抽出できました。

まずはぱぱっとRGBモードに変換します。レイヤーは統合せず保持しておかないと駄目ですよ。
んで、まあ思いついた色でパーツごとに色を分けていきます。
肌、髪、目、服など。後々レイヤーを探しやすいようにレイヤーセットも作ります。
下位のレイヤーははみ出ててもいいです。むしろはみ出させる。
都合で髪の毛レイヤーは上のほうに来ます。
基本的に、「選択範囲ツールでクリック」→「選択範囲を拡大(2〜3pxl)」→「塗りつぶし」 で出来るところまでやって、細かくパスで修正していってます。
あっ、ミスしてるorz
下塗りしていくと色々な所に気がつくものです。ミスしている部分とか、書き損じとか……。

髪とか初音チックになってますけど、色調整で変化させます。
私の目論見では彼女は茶髪か赤系の何かの色がいいので、とりあえずオレンジに。
というかこの絵自体をピンク系統でまとめたい。
後々調整すると思いますが、とりあえずこの系統で塗っていこうと思います。